医药洁净室消毒按空间和材质选紫外或臭氧。
紫外消毒适合设备表面和小空间，波长254纳米，灯管距消毒面1米以内，照射30到60分钟，适合传递窗、层流车和小缓冲间。缺点是阴影处照不到，灯管有死角。
臭氧消毒适合整间空气和管道内壁，关机密闭2小时，浓度5到10毫克每立方米，结束后通风30分钟。怕氧化的物料、橡胶件和彩钢板外露表面不宜长时间高浓度臭氧。
实际使用中两者配合：日常用臭氧做周消毒，传递窗和局部表面用紫外。任何一种都不能替代班前清洁，先清后消才有效。
消毒效果每月用生物指示剂或染菌菌片做一次验证，记录消毒前后菌落数下降对数，达不到四个对数即调整浓度或作用时间。
